La question des références religieuses est souvent posée. C’est pourquoi, lors du Colloque du 20e anniversaire de la juridiction en 2022, Alain Bauer déclarait :
« La franc-maçonnerie, née protestante, a mis en œuvre la liberté religieuse en pays protestant. En pays catholique, en terre hostile, elle a contribué à introduire le concept de laïcité. Analyser la différence des deux maçonneries qui en résultent en termes d’opposition sommaire entre une maçonnerie « libérale » et une maçonnerie « dogmatique » est donc une facilité de langage qui méconnaît gravement une histoire infiniment plus complexe qui ne saurait cacher une concurrence géopolitique entre la Maçonnerie impériale britannique, prête à régir le Monde, et les tendances françaises à la concurrencer. […]. Au fond, il y a eu schématiquement deux époques dans l’histoire de la franc-maçonnerie anglo-saxonne : celle que l’on qualifiera de « fondatrice », au début du XVIIIe siècle, où elle fut en Angleterre l’enfant du tolérantisme protestant et du libéralisme parlementaire dont le pays est alors le phare européen : c’est de cet esprit que s’inspireront, en Amérique, les francs-maçons « patriotes ». Une seconde époque s’est amorcée vers la fin du XVIIIe ou le début du XIXe siècle quand, face à un monde nouveau et changeant, elle a opté pour une sorte de club ou de café friendly society d’un niveau philosophique plus « relevé ». Sur le Continent, en France notamment, le cours de l’histoire en a décidé autrement. »